Die Geschichte der Commandeursmolen geht zurück bis ins Mittelalter, mit der ersten geschichtlichen Erwähnung im Jahre 1215. In diesem Jahr schenkten die Herren von Wittem die Mühle der Kommende der Malteser. Jahrhunderte später erfüllte die Getreidemühle eine Doppelfunktion als Papierfabrik unter der Leitung der Familie Thielens, die Grundsteinleger der Königlich Niederländischen Papierfabrik (KNP). 1882 übernahm Joseph Schyns, als Müllersohn aus der belgischen Region Voerstreek, das Unternehmen. Er ließ die Unterkunft erneut vollständig zur Getreidemühle umrüsten und modernisieren, sodass eine Produktion rund um die Uhr möglich war.
Eine spätere große Modernisierung erfolgte ab 1994 unter der Leitung von Raoul Schyns. Mit Respekt für die jahrhundertealte Geschichte und Tradition führte er viele Anpassungen und Erneuerungen durch, um die Mühle für die Zukunft zu rüsten.