Bei der Commandeursmolen wird unternehmerische Gesellschaftsverantwortung großgeschrieben. Ausgangspunkt ist der regionale Einkauf von (hauptsächlich Bio-) Rohstoffen (Nahrungskilometer) und der Einsatz - sofern möglich - von Rückfrachttouren. Daneben werden bei den fortlaufenden Erneuerungen und Optimierung der Mühle wann immer möglich umweltfreundliche Baumaterialien wie Farben, Fugenmaterialien, Mörtel und Dämmstoffe verwendet.
Ebenso steht der Energieverbrauch im Mittelpunkt. Neben dem Einsatz effektiver Beleuchtung und der Beschränkung der Raumbeheizung auf die Kantine und das Büro, wird so viel wie möglich mit einem variablen Antrieb der Maschinen gearbeitet, der aufgrund seiner Eigenschaften äußerst effizient ist. Last but not least verfügt die Mühle über ein eigenes Wasserkraftwerk, dass täglich rund um die Uhr grünen Strom produziert (ausreichend für ca. 50 Haushalte).