De geschiedenis van de Commandeursmolen gaat terug tot in de Middeleeuwen, met een eerste vermelding in 1215. In dat jaar schonken de Heren van Wittem de molen aan de Maltezer Commanderij. Eeuwen later kreeg de graanmolen tevens een dubbelfunctie als papierfabriek onder regie van de familie Thielens, grondlegger van de Koninklijke Nederlandse Papierfabriek, KNP. In 1882 nam Joseph Schyns - als molenaarszoon uit de Belgische Voerstreek - het bedrijf over. Hij liet de accommodatie opnieuw geheel als graanmolen inrichten en moderniseren zodat productie rondom de klok mogelijk was.
Een latere grote moderniseringsslag werd vanaf 1994 gerealiseerd onder leiding van Raoul Schyns. Met respect voor de eeuwenoude historie en traditie zette hij een groot aantal aanpassingen en vernieuwingen aan om de molen toe te rusten voor de toekomst.