Het standaard assortiment van de Commandeursmolen omvat circa veertig soorten meel, bloem en meergranen, bestemd voor bakkerij, industrie en handel. Het assortiment bestaat uit conventionele producten maar vooral ook - een segment waarin de Commandeursmolen op basis van jarenlange ervaring is gespecialiseerd - biologisch meel, bloem en meergranen.
Biologisch begint bij de boer. De biologische boer bewerkt en onderhoudt zijn akkers met zorg en met oog voor mens en milieu. Het groeiproces vindt rustig plaats en wordt niet versneld door chemische bemesting en spuitmiddelen. Roofbouw van de grond wordt voorkomen door natuurlijke bemesting en vruchtwisseling.
De opbrengsten van bio-akkers zijn kleiner dan in de gewone landbouw, wat betekent dat ook de economie anders is: biograan is duurder. Daar staat echter veel tegenover. Doordat biograan op eigen kracht kan groeien en rijpen, zit er minder eiwit in. Dat heeft invloed op de structuur van het brood: minder luchtig, steviger, en met extra karakter.
Door de gecontroleerde inkoop van gemengde partijen biograan dat per vrachtwagen van 35 ton arriveert, is de Commandeursmolen in staat om constante kwaliteit te leveren. Dat geldt voor de producten uit biotarwe, maar ook uit biologische spelt, rogge, kamut en andere granen.